Die Phylogeographie ist ein eher junges Feld. Sie wurde zum erstenmal von Avise et al. 1987 erwähnt, um offensichtliche Zusammenhänge zwischen Phylogenetik und historischer Biogeographie zu erklären. Seit dieser Zeit stieg die Zahl der Publikationen, welche den Begriff Phylogeographie im Titel führen oder als Schlagwort verwenden, stetig an. Faktoren wie Populationsgröße, Migration und Selektion führen zu artspezifischen Signalen in der genetischen Struktur. Wenn aber verschiedene Arten eine ähnliche genetische Struktur aufweisen, so weist dies auf gemeinsame Einflüsse durch historische und geologische Ereignisse hin (Gagnon & Angers 2006). Eiszeiten gehören zu den wichtigsten Ereignissen, welche die heutige Verteilung von Arten beeinflusst haben. Die Würmeiszeit war die jüngste und wichtigste Eiszeit in der untersuchten Region um den Bodensee. Sie fand vor 115,000 bis 10,000 Jahren statt und bedeckte die ganze untersuchte Region. Während der Gletscherschmelze entstanden zeitlich begrenzte Seen und Flüsse, welche die Einzugsgebiete von Rhein und Donau verbanden. Vorherige Studien haben bereits gezeigt, daß Fische wie der Strömer (Leuciscus souffia, Risso 1826) (Salzburger et al. 2003), der Flussbarsch (Perca fluviatilis, Linnaeus 1758) (J. Behrmann-Godel et al. 2004) oder der Döbel (Leuciscus cephalus, Linnaeus 1758) (F. Muenzel unpublished) diese zeitweiligen Verbindungen nutzten, um die Gegend um den Bodensee über die Rückzugsgebiete aus der Donau wiederzubesiedeln. Die Haplotypnetzwerke von Strömer und Döbel zeigen grosse Übereinstimmung, welche nur durch deren verschiedene Anpassungsfähigkeit an ihre Umwelt variieren. Es wurde erwartet, daß die Barbe ebenfalls diesem Schema entspricht. Um dies zu bestätigen, wurden insgesamt 63 Proben aus dem süddeutschen Raum, Österreich und der Schweiz untersucht. Dies führte zu 59 Sequenzen mit einer Länge von 389 bp aus der mitochondriellen Kontrollregion, welche sich durch ihre hohe Variabilität besonders für innerartliche Vergleiche eignet. Der Vergleich ergab elf verschiedene Haplotypen, wobei mehr Haplotypen in der Donau-Population gefunden wurden. Das aus den Haplotypen erstellte Netzwerk zeigte deutliche Übereinstimmungen mit den Besiedlungs-Szenarien von Strömer (L. souffia) und Döbel (L. cephalus). Eine „mismatch analysis“ wies dazu auf die Trennung zwischen den Populationen aus den Einzugsgebieten von Rhein und Donau hin. Diese Arbeit zeigt, dass die Analyse der mitochondrialen Kontrollregion auch auf lokaler Ebene gute Ergebnisse liefern kann.