RTP1p, eine neue Familie amyloid-ähnlicher Proteine

Lade...
Vorschaubild
Dateien
Diss_Ariane_Kemen.pdf
Diss_Ariane_Kemen.pdfGröße: 12.74 MBDownloads: 625
Datum
2006
Autor:innen
Kemen, Ariane Christiane
Herausgeber:innen
Kontakt
ISSN der Zeitschrift
Electronic ISSN
ISBN
Bibliografische Daten
Verlag
Schriftenreihe
Auflagebezeichnung
DOI (zitierfähiger Link)
ArXiv-ID
Internationale Patentnummer
Angaben zur Forschungsförderung
Projekt
Open Access-Veröffentlichung
Open Access Green
Sammlungen
Core Facility der Universität Konstanz
Gesperrt bis
Titel in einer weiteren Sprache
RTP1p, a new protein family with amyloid-like properties
Forschungsvorhaben
Organisationseinheiten
Zeitschriftenheft
Publikationstyp
Dissertation
Publikationsstatus
Published
Erschienen in
Zusammenfassung

Bei Uf-RTP1p (U. fabae-Rost Transferiertes Protein 1) handelte es sich um das erste von Rostpilzen sekretierte Protein, welches immuncytologisch nicht nur in der extrahaustoriellen Matrix nachgewiesen werden konnte, sondern auch im Cytoplasma der infizierten Pflanzenzelle. Neben Uf-RTP1p wurden in dieser Arbeit RTP1p Vertreter in drei weiteren Leguminosenrosten identifiziert und molekularbiologisch und biochemisch charakterisiert.
Der molekularbiologische Teil der Arbeit umfasst die Identifizierung der genomischen Sequenzen von RTP1 in den Rostpilzen U. fabae, U. striatus und U. appendiculatus sowie der cDNA Sequenz von U. striatus, wobei ein besonderes Augenmerk auf, für diese neue Genfamilie charakteristische Sequenzeigenschaften gelegt wurde. Northern Blot Analysen zeigten, dass Uf-RTP1 ausschließlich in Haustorien exprimiert wird und damit in der biotrophen Phase eine Rolle spielt. Bei der Regulation der Expression auf Translationsebene scheinen zwei, bei Us-RTP1 identifizierte uORF beteiligt zu sein. Da die RTP1p Vertreter zu Datenbankeinträgen keinerlei Homologie aufweisen, handelt es sich um eine neue Proteinfamilie, die eine Zwei Domänen Struktur aufweist. Sie setzen sich aus einem variablen N Terminus, der eine Anpassung an das jeweilige Wirtssystem darstellen könnte und dem konservierten C-Terminus, der die Funktion von RTP1p bestimmt, zusammen.
Sechs RTP1p spezifische, aufgereinigte Antikörper sowie heterologes RTP1p aus Pichia pastoris dienten zur biochemischen Charakterisierung in silico identifizierter Motive. Diese Motive wurden mit Blick auf die Funktion von RTP1p in der extrahaustoriellen Matrix, beim Transfer sowie im pflanzlichen Cytoplasma analysiert.
Die relativ kleinen Proteine (ca. 25 kDa) werden auf Grund sehr effektiver, N-terminaler Signalsequenzen in die extrahaustorielle Matrix sekretiert. Vor der exocytotischen Frei-setzung erfolgt eine weitere N-terminale Prozessierung. Diese hat für die Faltung von RTP1p eine entscheidende Bedeutung. Glykosylierungsmutanten in P. pastoris legen zudem den Schluss nahe, dass die Glykosylierung an einer, in allen Sequenzen konservierten Glykosylierungsstelle, essentiell für die Sekretion und Stabilität des Proteins ist. RTP1p wird in die Wirtszelle als glykosyliertes Protein internalisiert. Mit den aufgereinigten Seren konnte in vier Pathosystemen der Transfer von RTP1p in die pflanzliche Zelle bewiesen werden. Damit stellen die RTP1p Vertreter die erste Gruppe von Rostpilzproteinen dar, für welche ein Transfer auf subzellulärer Ebene in die pflanzliche Zelle bewiesen wurde. Über eine in silico identifizierte Sphingolipid-Binde-Domäne könnte der Transfer ins pflanzliche Cytoplasma erfolgen.
Um Hinweise auf potentielle Interaktionspartner zu erhalten, wurden Far Western Blot Analysen durchgeführt. Die Ergebnisse lassen auf zwei Interaktionspartner, mit einem MW von 25 bzw. 50 kDa, schließen. Partner des gleichen Molekulargewichts, wurden neben weiteren potentiellen Partnern auch in Immuno-Co-Präzipitationsstudien und Affinitätschromatographieanalysen wieder gefunden. Damit handelt es sich bei RTP1p um ein multifunktionales Protein, dessen Protein-Proteininteraktion auf einem, für alle RTP1p Sequenzen vorhergesagten Phophoserin/Phosphothreonin-Prolin Motiv beruhen könnte, welches Gruppe IV WW Domänen bei den Interaktionpartnern erkennt.
Eine über Cross-Linking Experimente nachgewiesene Aggregation des nativen Uf-RTP1p und des heterologen RTP1p kann auf eine in allen RTP1p Homologen konservierte Beta-Aggregationsdomäne zurückgeführt werden. Die RTP1p Aggregation ist, wie für amyloide Proteine beschrieben, konzentrations- und pH-abhängig. In Kooperation mit E. Kemen (2006) konnte gezeigt werden, dass sich die amorphen, heterologen RTP1-Aggregate über ein für Prionproteine beschriebenes Red-Ox-Experiment in filamentöse Strukturen überführen lassen, wie sie für Prion-ähnliche Proteine beschrieben wurden. Mit diesen teilt RTP1p zusätzlich eine hohe Proteinase K Resistenz.
Es wurde mit den in dieser Arbeit charakterisierten RTP1p Vertretern zum ersten mal eine Familie pilzlicher Proteine beschrieben, welche in glykosylierter Form in die Pflanzenzelle aufgenommen werden und durch Multimerisierung über eine Aggregationsdomäne filamentöse Strukturen ausbilden, die eine hohe Proteinase K Resistenz aufweisen. Mit diesen Eigenschaften stellt das in hohen Konzentrationen in der Matrix und im Cytoplasma vorkommende RTP1p, vor allem in älteren infizierten Zellen, einen möglichen Schutz des Pilzes vor antimikrobiellen Komponenten, wie Proteinasen, dar. RTP1p könnte damit als Virulenzfaktor die biotrophe Phase verlängern.

Zusammenfassung in einer weiteren Sprache

Uf-RTP1p (U. fabae-Rust Transferred Protein 1) is the first secreted protein of rust fungi that is detected by immunocytological studies not only in the extrahaustorial matrix, but also in the cytoplasm of the infected plant cell. Besides Uf-RTP1p three further RTP1p homologs could be identified in other rust-legume-pathosystems. This work includes the characterisation of the four RTP1p homologs on a molecular and a biochemical level.
The molecular part of this work comprises the identification of the genomic sequences of RTP1 in the rust fungi U. fabae, U. striatus and U. appendiculatus. Special attention was given to sequence features characteristic for this new gene family. Northern blot analysis revealed that Uf-RTP1 is exclusively expressed in haustoria and therefore plays a role during the biotrophic growth phase. Two uORFs in the 5 untranslated region of Us-RTP1 may be involved in gene regulation on a translation level.
Since no RTP1p homolog shows any similarity to database entries, they can be classified as a new protein family. These proteins have a two domain structure: the variable N-terminus which could represent an adaptation to the respective host system and a conserved C terminus, which seems to determine the function of RTP1p.
Six RTP1p specific, purified antibodies as well as heterologously produced RTP1p, were used for the analysis of motifs identified in silico. These motifs were analysed in view of the function of RTP1p within the extrahaustorial matrix and the plant cytoplasm, as well as for the transfer of RTP1p into the host cytoplasm.
The relatively small proteins (appr. 25 kDa) are effecciently secreted into the extrahaustorial matrix. Before the exocytotic release RTP1p is processed at least twice: first the signal sequence is cleaved off and after that the preproprotein is additionally N-terminaly processed. This has particular importance for the folding of the 18 kDa RTP1p main protein. Glycosylation mutants in P. pastoris suggest that a glycosylation site conserved in all RTP1p sequences is essential for secretion and stability of the protein. RTP1p is internalised into the host cell in a glycosylated form. Detection of RTP1p in four pathosystems using the purified antibodies suggests a common localization of RTP1p inside the infected plant cells. Therefore, RTP1p homologs are the first group of fungal proteins for which a transfer into the plant cell has been proven on a subcellular level. A sphingolipid binding domain identified in silico is the most likely candidate responsible for the transfer into the host cytoplasm.
To gain information about potential interaction partners Far-Western-Analyses were performed. Two interaction partners with a molecular weight of 25 kDa and 50 kDa were identified. Proteins with the same molecular weight were also found in immuno-co-precipitation and in affinity chromatography studies, besides further potential partners. Therefore, RTP1p represents a multifunctional protein whose protein-protein interaction could be due to a phosphoserin/phosphothreonin-prolin motif, conserved in all RTP1p sequences, which recognizes group IV WW domains of potential partners.
With the aid of cross-linking experiments the aggregation of Uf-RTP1p and heterologous RTP1p could be demonstrated and can be attributed to a beta-aggregation domain being conserved in all RTP1p homologs. As described for amyloid proteins, RTP1p aggregation depends on protein concentration and pH. In cooperation with E. Kemen (2006) it could be shown that the amorphous, heterologous RTP1p aggregates can be converted into filamentous structures as published for prion-like proteins. RTP1p also shares high proteinase K resistance with these proteins.
This work describes for the first time a family of fungal proteins internalized by the plant cell in a glycosylated form. This new protein family has the capability to multimerize and to form highly proteinase K resistant, stable filamentous structures. With these characteristics RTP1p, accumulating especially in elderly infected cells, represents a potential protection of the fungus against antimicrobial components, as for example proteinases. Therefore, RTP1p could be classified as a new virulence factor prolonging the biotrophic phase.

Fachgebiet (DDC)
570 Biowissenschaften, Biologie
Schlagwörter
Rostpilz, Protein-Protein Interaktion, Glykoprotein, Proteinase K Resistenz, haustorium, protein family, antibody, amyloid, interaction
Konferenz
Rezension
undefined / . - undefined, undefined
Zitieren
ISO 690KEMEN, Ariane Christiane, 2006. RTP1p, eine neue Familie amyloid-ähnlicher Proteine [Dissertation]. Konstanz: University of Konstanz
BibTex
@phdthesis{Kemen2006RTP1p-8125,
  year={2006},
  title={RTP1p, eine neue Familie amyloid-ähnlicher Proteine},
  author={Kemen, Ariane Christiane},
  address={Konstanz},
  school={Universität Konstanz}
}
RDF
<rdf:RDF
    xmlns:dcterms="http://purl.org/dc/terms/"
    xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
    xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
    xmlns:bibo="http://purl.org/ontology/bibo/"
    xmlns:dspace="http://digital-repositories.org/ontologies/dspace/0.1.0#"
    xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/"
    xmlns:void="http://rdfs.org/ns/void#"
    xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#" > 
  <rdf:Description rdf:about="https://kops.uni-konstanz.de/server/rdf/resource/123456789/8125">
    <dc:format>application/pdf</dc:format>
    <dcterms:isPartOf rdf:resource="https://kops.uni-konstanz.de/server/rdf/resource/123456789/28"/>
    <dcterms:abstract xml:lang="deu">Bei Uf-RTP1p (U. fabae-Rost Transferiertes Protein 1) handelte es sich um das erste von Rostpilzen sekretierte Protein, welches immuncytologisch nicht nur in der extrahaustoriellen Matrix nachgewiesen werden konnte, sondern auch im Cytoplasma der infizierten Pflanzenzelle. Neben Uf-RTP1p wurden in dieser Arbeit RTP1p Vertreter in drei weiteren Leguminosenrosten identifiziert und molekularbiologisch und biochemisch charakterisiert.&lt;br /&gt;Der molekularbiologische Teil der Arbeit umfasst die Identifizierung der genomischen Sequenzen von RTP1 in den Rostpilzen U. fabae, U. striatus und U. appendiculatus sowie der cDNA Sequenz von U. striatus, wobei ein besonderes Augenmerk auf, für diese neue Genfamilie charakteristische Sequenzeigenschaften gelegt wurde. Northern Blot Analysen zeigten, dass Uf-RTP1 ausschließlich in Haustorien exprimiert wird und damit in der biotrophen Phase eine Rolle spielt. Bei der Regulation der Expression auf Translationsebene scheinen zwei, bei Us-RTP1 identifizierte uORF beteiligt zu sein. Da die RTP1p Vertreter zu Datenbankeinträgen keinerlei Homologie aufweisen, handelt es sich um eine neue Proteinfamilie, die eine  Zwei Domänen Struktur  aufweist. Sie setzen sich aus einem variablen N Terminus, der eine Anpassung an das jeweilige Wirtssystem darstellen könnte und dem konservierten C-Terminus, der die Funktion von RTP1p bestimmt, zusammen.&lt;br /&gt;Sechs RTP1p spezifische, aufgereinigte Antikörper sowie heterologes RTP1p aus Pichia pastoris dienten zur biochemischen Charakterisierung in silico identifizierter Motive. Diese Motive wurden mit Blick auf die Funktion von RTP1p in der extrahaustoriellen Matrix, beim Transfer sowie im pflanzlichen Cytoplasma analysiert.&lt;br /&gt;Die relativ kleinen Proteine (ca. 25 kDa) werden auf Grund sehr effektiver, N-terminaler Signalsequenzen in die extrahaustorielle Matrix sekretiert. Vor der exocytotischen Frei-setzung erfolgt eine weitere N-terminale Prozessierung. Diese hat für die Faltung von RTP1p eine entscheidende Bedeutung. Glykosylierungsmutanten in P. pastoris legen zudem den Schluss nahe, dass die Glykosylierung an einer, in allen Sequenzen konservierten Glykosylierungsstelle, essentiell für die Sekretion und Stabilität des Proteins ist. RTP1p wird in die Wirtszelle als glykosyliertes Protein internalisiert. Mit den aufgereinigten Seren konnte in vier Pathosystemen der Transfer von RTP1p in die pflanzliche Zelle bewiesen werden. Damit stellen die RTP1p Vertreter die erste Gruppe von Rostpilzproteinen dar, für welche ein Transfer auf subzellulärer Ebene in die pflanzliche Zelle bewiesen wurde. Über eine in silico identifizierte Sphingolipid-Binde-Domäne könnte der Transfer ins pflanzliche Cytoplasma erfolgen.&lt;br /&gt;Um Hinweise auf potentielle Interaktionspartner zu erhalten, wurden Far Western Blot Analysen durchgeführt. Die Ergebnisse lassen auf zwei Interaktionspartner, mit einem MW von 25 bzw. 50 kDa, schließen. Partner des gleichen Molekulargewichts, wurden neben weiteren potentiellen Partnern auch in Immuno-Co-Präzipitationsstudien und Affinitätschromatographieanalysen wieder gefunden. Damit handelt es sich bei RTP1p um ein multifunktionales Protein, dessen Protein-Proteininteraktion auf einem, für alle RTP1p Sequenzen vorhergesagten Phophoserin/Phosphothreonin-Prolin Motiv beruhen könnte, welches Gruppe IV WW Domänen bei den Interaktionpartnern erkennt.&lt;br /&gt;Eine über Cross-Linking Experimente nachgewiesene Aggregation des nativen Uf-RTP1p und des heterologen RTP1p kann auf eine in allen RTP1p Homologen konservierte Beta-Aggregationsdomäne zurückgeführt werden. Die RTP1p Aggregation ist, wie für amyloide Proteine beschrieben, konzentrations- und pH-abhängig. In Kooperation mit E. Kemen (2006) konnte gezeigt werden, dass sich die amorphen, heterologen RTP1-Aggregate über ein für Prionproteine beschriebenes Red-Ox-Experiment in filamentöse Strukturen überführen lassen, wie sie für Prion-ähnliche Proteine beschrieben wurden. Mit diesen teilt RTP1p zusätzlich eine hohe Proteinase K Resistenz.&lt;br /&gt;Es wurde mit den in dieser Arbeit charakterisierten RTP1p Vertretern zum ersten mal eine Familie pilzlicher Proteine beschrieben, welche in glykosylierter Form in die Pflanzenzelle aufgenommen werden und durch Multimerisierung über eine Aggregationsdomäne filamentöse Strukturen ausbilden, die eine hohe Proteinase K Resistenz aufweisen. Mit diesen Eigenschaften stellt das in hohen Konzentrationen in der Matrix und im Cytoplasma vorkommende RTP1p, vor allem in älteren infizierten Zellen, einen möglichen Schutz des Pilzes vor antimikrobiellen Komponenten, wie Proteinasen, dar. RTP1p könnte damit als Virulenzfaktor die biotrophe Phase verlängern.</dcterms:abstract>
    <dcterms:rights rdf:resource="https://rightsstatements.org/page/InC/1.0/"/>
    <dc:language>deu</dc:language>
    <dspace:hasBitstream rdf:resource="https://kops.uni-konstanz.de/bitstream/123456789/8125/1/Diss_Ariane_Kemen.pdf"/>
    <dc:creator>Kemen, Ariane Christiane</dc:creator>
    <dcterms:title>RTP1p, eine neue Familie amyloid-ähnlicher Proteine</dcterms:title>
    <dc:rights>terms-of-use</dc:rights>
    <bibo:uri rdf:resource="http://kops.uni-konstanz.de/handle/123456789/8125"/>
    <dspace:isPartOfCollection rdf:resource="https://kops.uni-konstanz.de/server/rdf/resource/123456789/28"/>
    <foaf:homepage rdf:resource="http://localhost:8080/"/>
    <dc:contributor>Kemen, Ariane Christiane</dc:contributor>
    <dcterms:alternative>RTP1p, a new protein family with amyloid-like properties</dcterms:alternative>
    <void:sparqlEndpoint rdf:resource="http://localhost/fuseki/dspace/sparql"/>
    <dcterms:hasPart rdf:resource="https://kops.uni-konstanz.de/bitstream/123456789/8125/1/Diss_Ariane_Kemen.pdf"/>
    <dcterms:issued>2006</dcterms:issued>
    <dc:date rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#dateTime">2011-03-24T17:40:48Z</dc:date>
    <dcterms:available rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#dateTime">2011-03-24T17:40:48Z</dcterms:available>
  </rdf:Description>
</rdf:RDF>
Interner Vermerk
xmlui.Submission.submit.DescribeStep.inputForms.label.kops_note_fromSubmitter
Kontakt
URL der Originalveröffentl.
Prüfdatum der URL
Prüfungsdatum der Dissertation
April 27, 2007
Finanzierungsart
Kommentar zur Publikation
Allianzlizenz
Corresponding Authors der Uni Konstanz vorhanden
Internationale Co-Autor:innen
Universitätsbibliographie
Begutachtet
Diese Publikation teilen