Epitopanalyse von Matrix-Metalloproteinase-19-spezifischen monoklonalen Antikörpern
Epitopanalyse von Matrix-Metalloproteinase-19-spezifischen monoklonalen Antikörpern
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2001
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Kolb, Birgit
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Epitope mapping of anti-MMP-19 monoclonal antibodies
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Dissertation
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Abstract
By the use of recombinant fragments and synthetic peptides the epitopes of 6 anti-MMP-19 monoclonal antibodies were mapped. With epitope extraction and epitope excision experiments, these peptides were identified as epitopes. The sequences of the peptides were mapped to the propeptide, the catalytic domaine and the hingeregion of MMP-19.
The results indicated, that 4 antibodies (CK7/4, 7/5, 8/2, and 8/3) recognize two different MMP-19 fragments, which represent different domaines, and which are separated by each other. These are the propeptide, and the catalytic domaine together with the hingeregion. Each of these antibodies recognize the propeptide, and except CK7/4, the hingeregion, too. CK7/5 recognize with low affinity the zink-binding region of the catalytic domaine. The epitope fragment of the propeptide could be mapped down to a fragment, 43 aminoacids in length (aa 30-72 of MMP-19). The epitope of the hingeregion could be identified as the aminoacids 298-325 of MMP-19.
The antibody CK8/6 reacts only with this 28 aminoacid peptide of the hingeregion, but not with the propeptide.
The antibody CK8/4 recognize only the propeptide with a very high affinity. In this case, the epitope fragment could be mapped down to an peptide, 29 aminoacids in length (aa 38-66 of MMP-19).
Non of the antibodies recognize the Hemopexin-like domaine of MMP-19.
The sequences of the mapped epitopes have a very low homology to other MMPs, therefore these monoclonal antibodies are very specific for MMP-19.
The results indicated, that 4 antibodies (CK7/4, 7/5, 8/2, and 8/3) recognize two different MMP-19 fragments, which represent different domaines, and which are separated by each other. These are the propeptide, and the catalytic domaine together with the hingeregion. Each of these antibodies recognize the propeptide, and except CK7/4, the hingeregion, too. CK7/5 recognize with low affinity the zink-binding region of the catalytic domaine. The epitope fragment of the propeptide could be mapped down to a fragment, 43 aminoacids in length (aa 30-72 of MMP-19). The epitope of the hingeregion could be identified as the aminoacids 298-325 of MMP-19.
The antibody CK8/6 reacts only with this 28 aminoacid peptide of the hingeregion, but not with the propeptide.
The antibody CK8/4 recognize only the propeptide with a very high affinity. In this case, the epitope fragment could be mapped down to an peptide, 29 aminoacids in length (aa 38-66 of MMP-19).
Non of the antibodies recognize the Hemopexin-like domaine of MMP-19.
The sequences of the mapped epitopes have a very low homology to other MMPs, therefore these monoclonal antibodies are very specific for MMP-19.
Summary in another language
In dieser Arbeit wurden Epitope 6 monoklonaler anti-MMP-19 Antikörpern (CK7/4, 7/5, 8/2, 8/3, 8/4 und 8/6) mittels rekombinanten MMP-19-Fragmenten und synthetischen Peptiden bestimmt. Die Peptide wurden mit massenspektrometrischen Methoden in Epitop-Extraktions und -Excisions Experimenten als Epitopstrukturen identifiziert. Die Sequenzen dieser Peptide befinden sich innerhalb des Propeptids, der katalytischen Domäne und der Hingeregion.
Die erzielten Resultate, sowohl der Experimente mit den MMP-19-Fragenten, als auch mit den synthetischen Peptiden, führten zu folgenden Ergebnissen:
Vier Antikörper (CK7/4, 7/5, 8/2 und 8/3) erkennen zwei verschiedene MMP-19-Fragmente, die unterschiedliche Domänen von MMP-19 repräsentieren und die innerhalb der Sequenz nicht nebeneinander liegen. Dies ist einmal das Propeptid und einmal die katalytische Domäne zusammen mit der Hingeregion. Jeder dieser Antikörper erkennt das Propeptid und, bis auf CK7/4, auch die Hingeregion. Der Antikörper CK7/5 erkennt mit einer sehr geringen Affinität auch den Zinkbindenden Bereich. Innerhalb des Propeptids wird ein Epitopfragment von 43 Aminosäuren Länge (aa 30-72 von MMP-19) erkannt. Der immunogene Bereich der Hingeregion umspannt mit den Aminosäuren 298-325 von MMP-19 ein 28 Aminosäuren langes Peptid. Der Antikörper CK8/6 erkennt lediglich dieses 28 Aminosäuren lange Peptid der Hingeregion, nicht aber das Propeptid.
Das Propeptid wird von einem weiteren Antikörper, CK8/4, mit einer sehr starken, d.h. im Vergleich zu den anderen monoklonalen Antikörpern deutlicher höheren, Affinität identifiziert. CK8/4 erkennt nur diese Domäne. Hier konnte das Epitopfragment auf ein 29 Aminosäuren langes Peptid (aa 38-66 von MMP-19) eingegrenzt werden.
Kein Antikörper reagierte mit der Hämopexin-ähnlichen Domäne von MMP-19.
Die identifizierten Epitopfragmente der monoklonalen anti-MMP-19 Antikörper haben eine sehr geringe Homologie zu anderen MMPn, daher sind diese Antikörper sehr spezifisch für MMP-19.
Die erzielten Resultate, sowohl der Experimente mit den MMP-19-Fragenten, als auch mit den synthetischen Peptiden, führten zu folgenden Ergebnissen:
Vier Antikörper (CK7/4, 7/5, 8/2 und 8/3) erkennen zwei verschiedene MMP-19-Fragmente, die unterschiedliche Domänen von MMP-19 repräsentieren und die innerhalb der Sequenz nicht nebeneinander liegen. Dies ist einmal das Propeptid und einmal die katalytische Domäne zusammen mit der Hingeregion. Jeder dieser Antikörper erkennt das Propeptid und, bis auf CK7/4, auch die Hingeregion. Der Antikörper CK7/5 erkennt mit einer sehr geringen Affinität auch den Zinkbindenden Bereich. Innerhalb des Propeptids wird ein Epitopfragment von 43 Aminosäuren Länge (aa 30-72 von MMP-19) erkannt. Der immunogene Bereich der Hingeregion umspannt mit den Aminosäuren 298-325 von MMP-19 ein 28 Aminosäuren langes Peptid. Der Antikörper CK8/6 erkennt lediglich dieses 28 Aminosäuren lange Peptid der Hingeregion, nicht aber das Propeptid.
Das Propeptid wird von einem weiteren Antikörper, CK8/4, mit einer sehr starken, d.h. im Vergleich zu den anderen monoklonalen Antikörpern deutlicher höheren, Affinität identifiziert. CK8/4 erkennt nur diese Domäne. Hier konnte das Epitopfragment auf ein 29 Aminosäuren langes Peptid (aa 38-66 von MMP-19) eingegrenzt werden.
Kein Antikörper reagierte mit der Hämopexin-ähnlichen Domäne von MMP-19.
Die identifizierten Epitopfragmente der monoklonalen anti-MMP-19 Antikörper haben eine sehr geringe Homologie zu anderen MMPn, daher sind diese Antikörper sehr spezifisch für MMP-19.
Subject (DDC)
570 Biosciences, Biology
Keywords
Epitopanalyse,MMP-19,MALDI-Massenspektrometrie,epitope mapping,monoclonal antibody,MMP-19,mass-spectrometry
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Review
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Cite This
ISO 690
KOLB, Birgit, 2001. Epitopanalyse von Matrix-Metalloproteinase-19-spezifischen monoklonalen Antikörpern [Dissertation]. Konstanz: University of KonstanzBibTex
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Examination date of dissertation
July 5, 2001