Publikation: Avian transcriptomics : opportunities and challenges
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Zusammenfassung
Recent developments in next-generation sequencing technologies have greatly facilitated the study of whole transcriptomes in model and non-model species. Studying the transcriptome and how it changes across a variety of biological conditions has had major implications for our understanding of how the genome is regulated in different contexts, and how to interpret adaptations and the phenotype of an organism. The aim of this review is to highlight the potential of these new technologies for the study of avian transcriptomics, and to summarise how transcriptomics has been applied in ornithology. A total of 81 peer-reviewed scientific articles that used transcriptomics to answer questions within a broad range of study areas in birds are used as examples throughout the review. We further provide a quick guide to highlight the most important points which need to be take into account when planning a transcriptomic study in birds, and discuss how researchers with little background in molecular biology can avoid potential pitfalls. Suggestions for further reading are supplied throughout. We also discuss possible future developments in the technology platforms used for ribonucleic acid sequencing. By summarising how these novel technologies can be used to answer questions that have long been asked by ornithologists, we hope to bridge the gap between traditional ornithology and genomics, and to stimulate more interdisciplinary research.
Zusammenfassung in einer weiteren Sprache
Erst die Entwicklungen auf dem Gebiet der next-generation sequencing (NGS) Technologien in den letzten 10 Jahren haben die Untersuchung kompletter Transkriptome in Modell- sowie nicht-Modell-Organismen ermöglicht. Die Untersuchung des Transkriptoms und seiner Regulation hatte maßgeblichen Einfluss auf unser Verständnis darüber, welche Gene in welchen Geweben und zu welchem Zeitpunkt aktiv sind, und wie wir heute Anpassungen und generell den Phänotyp eines Organismus verstehen. Das Ziel unseres Übersichtsartikels besteht darin, das Potential der neuen Technologien zum Studium der Transkriptomik bei Vögeln herauszustellen. Wir erläutern, wie sie bisher schon in der Ornithologie, die sich überwiegend mit nicht-Modell-Organismen beschäftigt, Anwendung gefunden haben. Insgesamt 81 wissenschaftlich begutachtete Transkriptomik Fachartikel, die breitgefächerte Fragen der Vogelkunde untersuchen, werden von uns in diesem Übersichtsartikel als Beispiele vorgestellt. Weiterhin bieten wir dem Teil der ornithologischen Gemeinde, der wenig Hintergrundwissen in molekularen Methoden hat, eine kurze Einführung in die Planung eines Trankriptomikprojektes bei Vögeln. Die wichtigsten Punkte, die schon früh in der Planung zu beachten sind, um mögliche Fehler zu vermeiden, werden diskutiert. Dies beinhaltet überall auch Vorschläge zur vertiefenden Lektüre weiterführender wissenschaftlicher Artikel. Zum Schluss diskutieren wir zukünftige Entwicklungen der verschiedenen Technologien und neue Plattformen, die bei RNA Sequenzierung zur Anwendung kommen könnten. Durch unsere breit angesetzte Zusammenfassung dieser neuen und zukünftigen Technologien zeigen wir auf, wie Ornithologen lang unbeantwortete Grundsatzfragen angehen können. Wir hoffen, dass wir dazu beitragen, eine Lücke zwischen der Molekularbiologie und Genomik auf der einen und traditioneller Ornithologie auf der anderen Seite schlagen zu können.
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ISO 690
JAX, Elinor, Michael WINK, Robert KRAUS, 2018. Avian transcriptomics : opportunities and challenges. In: Journal of Ornithology. 2018, 159(3), pp. 599-629. ISSN 2193-7192. eISSN 2193-7206. Available under: doi: 10.1007/s10336-018-1532-5BibTex
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