Das Protein DEK im Chromatin menschlicher Zellen

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2005
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Hu, Hong-gang
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The protein DEK in chromatin of human cells
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Publikationstyp
Dissertation
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Zusammenfassung

In der vorliegenden Arbeit wurde die DEK-Lokalisation und -Verteilung im Chromatin mittels der Methode des ChIP-Assays und nachfolgender DNA-Analyse untersucht.
In den meisten untersuchten Gen-Regionen wurde DEK gleichmäßig verteilt vorgefunden. Weiterhin ist DEK im C4-Element des TOP1-Gens und im Promotorbereich des CD21-Gens angereichert. Hinweise bestehen darauf, dass diese Anreicherung mit der Gen-Expression zusammenhängt. Die Anreicherung im C4-Element des TOP1-Gens ist eher struktur als sequenzspezifisch, da in Bandshiftassays keine bevorzugte Bindung an das C4-Element festgestellt werden konnte. Jedoch könnte die C4-Region durch ihre GC-reiche, umgekehrte Wiederholungssequenz eine stabile kruziforme DNA-Struktur ausbilden.
Des weiteren konnte in Kolokalisationsstudien gezeigt werden, dass DEK in aktiven Gen-Bereichen mehr als in inaktiven Gen-Bereichen lokalisiert. Mit der Klonierung und Analyse der DEK-gefällten DNA-Fragmente (DEK-Klone) konnte festgestellt werden, dass DEK innerhalb von Gen-Bereichen und auch an Nicht-Gen-Bereiche bindet.
Mit den hier gezeigten Ergebnissen, der DEK-Strukturspezifität an DNA und seiner Fähigkeit, die DNA-Struktur zu verändern (Alexiadis et al., 2000; Waldmann et al., 2002), könnte DEK als Architektur-Protein wie die klassischen HMG-Proteine im Chromatin funktionieren.

Zusammenfassung in einer weiteren Sprache

In this thesis the localization and distribution of DEK in chromatin of human cells was investigated by the ChIP assay followed by DNA analysis.
DEK is uniformly distributed in the most investigated gene regions. But DEK is enriched in the C4 region of TOP1 gene and in the promoter of active CD21 gene, where DEK assembles in correlation with gene expression. The enrichment in C4 region of TOP1 gene is more structure specific than sequence specific, because no preferential binding of DEK to the sequence of C4 region was observed in EMSAs. However, the C4 sequence includes an inverted repeat of 10 GC-rich base pairs, which are able to form a stable cruciform DNA structure in the nucleus through this inverted repeat.
Furthermore, DEK localizes more in active than in inactive gene regions found by colocalization analysis. The DEK precipitated DNA fragments were cloned. The results from the analysis of these cloned DNA fragments show that DEK binds to DNA sequence in gene regions and also to not-gene regions.
The results showed here, together with the structure specificity to DNA and the ability to change the DNA structure indicate that DEK could function as an architectural protein in chromatin, just like the classic HMG proteins.

Fachgebiet (DDC)
570 Biowissenschaften, Biologie
Schlagwörter
DEK, ChIP, Klone, quantitative PCR, DEK, ChIP, clone, quantitative PCR
Konferenz
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Zitieren
ISO 690HU, Hong-gang, 2005. Das Protein DEK im Chromatin menschlicher Zellen [Dissertation]. Konstanz: University of Konstanz
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March 18, 2005
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